A Vatikáni Apostoli Könyvtár (latinul Biblotheca Apostolica Vaticana) a Szentszék könyvtára, jelenleg a Vatikánban található. Egyike a világ legrégibb könyvtárainak, és az egyik legkülönlegesebb történelmi iratgyűjteménnyel rendelkezik. Formálisan 1475-ben alapították, de valójában sokkal régebben. 2007. júliusától felújítási munkák zajlottak az épületen, ezek 2010-ben fejeződtek be.
A könyvtár történetét 5 korszakra szokás bontani:
V. Miklós pápa alapította meg a Vatikánban 1448-ban 350 görög, latin, és héber nyelvű kódexszel. A Bibliotheca Apostolica Vatcana-t csak 1475-ben alapították meg.
Amikor Bartolomeo Platina, az első könyvtáros leltárt készített 1481-ben, a könyvtár 3500 darabot tartalmazott. Akkoriban ez volt a nyugati világ legnagyobb könyvtára. 1587 körül V. Szixtusz pápa megbízta Domenico Fontana-t egy könyvtárépület megépítésére, a könyvtár ezt az épületet használja most is.
A könyvtár néhány nagy hagyatékkal és beszerzéssel bővült a századok során.
1623-ban I. Miksa bajor herceg a heidelbergi Palatine Könyvtárat, amely 3500 kéziratot tartalmazott, adta a könyvtárnak, hálából XV. Gergely pápa politikai segítségéért. (Mert támogatta őt a harcban a protestánsokkal szemben a választói helyért.) Ebből az anyagból 39 darab előbb Párizsba, majd 1815-ben visszakerült Heidelbergbe. A Palatine Könyvtár máig a vatikáni könyvtárban van.
1657-ben a az urbinói hercegek kéziratai is a Vatikánba kerültek. 1661-ben a görög tudós Leo Allatius könyvtáros lett.
Jelenleg a könyvtár 75 000 kéziratot, 1,1 millió nyomtatott könyvet, ebből 8 500 ősnyomtatvány. A Vatikáni Titkos Levéltár a XVII. század elején választódott le, 150 000 darabja van.
A könyvtár leghíresebb darabja a Codex Vaticanus, a legrégebbi ismert Biblia-kézirat. A Prokopiosz által írt Titkos történet-et 1623-ban a könyvtárban fedezték fel, és adták ki.
A Vatikáni Apostoli Könyvtár történelmi, jogi, tudományos, teológiai és filozófiai kutatókönyvtár. Bárki szabadon kutathatja, aki megfelelő kutatói okmányokkal rendelkezik, és a kutatásához szüksége van a könyvtár anyagára.