A Sankt Gallen-i kolostor évszázadokon át Európa egyik legjelentősebb benedekrendi apátsága volt. 1983 óta a Világörökség része.
A kolostort 613-ban alapították és Szent Gál írországi hittérítőről nevezték el. Szent Gál Szent Kolumbán tanítványa és társa volt, itt hunyt el 646-ban.
Martell Károly Othmárt jelölte ki Szent Gál ereklyéinek gondozására. Kis Pippin uralkodása alatt Othmar megalapította a híres Sankt Gallen iskolát, amely hamarosan híressé vált a tudomány és művészet terén, valamint a kéziratok másolása és a könyvtára miatt. Számos angolszász és ír szerzetes jött ide kéziratot másolni. Nagy Károly kérésére I. Adorján pápa kiváló énekeseket küldött Rómából, akik elterjesztették a gregorián zenét. 818-ban Jámbor Lajos frank király menedékjogot adott a kolostornak és birodalmi kolostori rangra emelte.
A következő évszázadban Sankt Gallen konfliktusba került a közeli reichenaui apátsággal. 924 és 933 között a magyarok fenyegették az apátságot és a könyveket Reichenauba kellett menekíteni. A könyvek többségét utóbb visszaadták.
A 13. században az apátság és a város független fejedelemséggé vált, amelynek a szuverén uralkodója az apát volt, egyenrangú a Német-római Birodalom hercegeivel. A 13. ás 14. században a kolostor létét többször fenyegették a különböző harcok, amelyek a Habsburg terjeszkedési politika következtében lobbantak fel. Ezek közül a legjelentősebb az I. Vilmos apát és Habsburg Rudolf közti véres konfliktus volt 1282-1291-ben, amelynek során a király egy ellenvárost (Schwarzenbach) és egy ellenapátságot alapított. Ebben az időben Sankt Gallen városa kikerült az apátság uralma alól és az apátsággal szembenálló oldalon harcolt. Az appenzelli háborúk (1400-1429) a kolostor számára kedvezőtlenül ütöttek ki: elvesztette uradalmainak nagy részét, Appenzell függetlenné vált.
A reformáció 1525-ben ért el Sankt Gallen városába. 1527-ben az új hitre tért lakosság elűzte az apátot, megszüntette a kolostort, és átvette az uralmat a kolostor birtokai felett. 1532-ben viszont a református szövetségi tartományok legyőzése után az apátságot újraalapították. A kolostorállamnak 1572-ig sikerült az alattvalókat visszatérítenie a katolikus hitre. A 16. század végére az apátság erős, központosított és az akkori időkben modernnek számító területi állammá vált.
Pius apát alatt (1630-1674) beindítottak egy nyomdát. 1712-ben nagy változás következett be a Toggenburg-háborút követően. A svájciak a könyvek és kéziratok nagy részét Zürichbe és Bernbe szállították.
Az 1789-es francia forradalom után a kolostor alattvalói is több szabadságjogot követeltek maguknak. Az 1795-ben megkötött Gossau-i szerződéssel Beda Anghern apát próbálta ugyan megmenteni az apáthercegséget, de a reformok ellenére 1798-ban megalakult a Sankt Gallen Régi Tartomány Köztársasága. Pankraz Vorster apát száműzetésbe menekült. A Franciaország által 1798-ban megalapított Helvét Köztársaság magába foglalta az apátság egykori területét is. Az apáthercegség a Säntis kanton részévé vált. 1799 májusában Pankraz Vorster apát osztrák támogatással visszatért, de csak rövid időre.
1805. május 8-án Sankt Gallen kanton tanácsa megszüntette a kolostort. Az apát még hosszú ideig sikertelenül próbálkozott az apáthercegség visszaállításával. VII. Pius pápa 1823-ban kiadott Ecclesias quae antiquitate című bullája, amellyel megalapította a kettős Chur – Sankt-Gallen püspökséget, a Vatikán részéről is a helyreállítási törekvések elutasítását jelentette.
A középkori kolostorból ma már kevés látható. A létező épületek többsége, beleértve a katedrálist is, késő barokk stílusban épültek 1755 és 1768 között.
A Sankt Gallen-i könyvtárat a világ egyik leggazdagabb középkori gyűjteményének tartják. 2005-ben a könyvtár állományában több mint 160 000 könyv volt, amelyből 2200 kéziratos és 500 elmúlt 1000 éves. Nemrég a könyvtár indított egy projektet a felbecsülhetetlen értékű kéziratos anyag digitalizálására.
A könyvtárban őriznek egy egyedülálló 9. századi dokumentumot, amely Sankt Galleni alaprajz néven ismert. Ez az egyetlen jelentős építészeti rajz, amely fennmaradt a római birodalom bukása és a 13. század között eltelt hétszáz évből. A tervből soha nem készült épület; a nevét a megőrzés helyéről kapta. A tervrajz egy jól kialakított és jól felszerelt kolostor ideálját ábrázolja, ahogy azt valamelyik Aachenben tartott zsinaton elképzelték (kb. 814 és 817 között).
