A Holyroodhouse-palotát, vagy egyszerűbben Holyrood-palotát I. Dávid skót király kolostorként alapította 1128-ban. A 15. századtól Skócia királyainak és királynőinek legfontosabb lakóhelye volt. Az épület Edinburgh-ban, a Royal Mile (Királyi mérföld) nevű utca alsó végén áll, és jelenleg II. Erzsébet királynő hivatalos rezidenciája, aki a nyár eleji időszakot tölti a palotában.,
A holyrood szó a scots nyelvű Haly Ruid (Szent kereszt) kifejezés angolositott változata.
A romos Ágoston-rendi apátságot az alapokban elhelyezett feljegyzések szerint 1126-ban építették, I. Dávid király rendeletére. Több királyi koronázási és esküvői ceremóniának adott otthont. Az épület tetőzete a 18. században beomlott, azóta csak a romok láthatók.
Az apátságot II. Jakab angol király a skót nemzeti szimbólumról, a bogáncsról elnevezett lovagrend templomává tette, de nem sokkal ezt követően egy lázadás megrongálta. 1691-ben az akkor épült Canongate-templom lett helyette a helyi egyházközség temploma, ezt látogatja a királynő is, ha a palotában tartózkodik.,
ábrázolása a Calton Hillről nézve.]] A 15. században egy vendégház állt a palota jelenlegi északi szárnya helyén, az apátságtól és a kolostortól nyugatra. Több középkori skót uralkodó megszállt itt, mielőtt felépítették volna a palotát. A 15. század vége felé Holyrood nem csak nevében volt királyi rezidencia. II. Jakab skót király itt jött világra 1430-ban, itt tették a koronát a fejére, itt házasodott meg és a halál is itt érte. 1498–1501. között IV. Jakab egy új épületet építtetett és ezzel a szó igazi értelmében is palota lett Holyroodhouse.
palota az apátsági kolostortól nyugatra, egy négszög alakú udvar köré épült. Kápolnát, folyosót, királyi lakosztályokat és egy nagytermet foglalt magába. A kápolna a jelenlegi északi szárnyban kapott helyet, a királynői lakosztályok a déli szárny egy részét foglalják el. A harmadik, nyugati szárny a királyok lakóhelyét és a palota bejáratát tartalmazta. IV. Jakab egy kétszintes kapuépület felépítését is elrendelte, ennek maradványai az apátság udvarán láthatók. V. Jakab 1528–1536. között bővítette a palotát, a jelenlegi északnyugati toronnyal kezdve. Ebben a toronyban találhatók azok a nevezetes szobák, amelyekben Stuart Mária királynő lakott.
A nagytermek fa mennyezete Mária idejéből származik és az MR (Maria Regina), valamint IR (Jacobus Rex) monogramok Máriára és fiára I. Jakab angol királyra (VI. Jakabként skót király) utalnak. A Stuart Mária és II. Ferenc francia király házasságáról megemlékező faragott pajzsokról azt tartják, hogy 1559-ben készültek, de csak 1617-ben kerültek jelenlegi helyükre. A lakosztály egy fogadószobát és a királynő hálószobáját tartalmazza, ez utóbbiból két toronyszoba nyílik. Az északi toronyszobában gyilkolták meg a királynő jelenlétében 1565. március 9-én David Rizziót, Stuart Mária titkárát. A későbbi századokban a látogatók gyakran állították, hogy látták a padlón a vérfoltokat.
Miután VI. Jakab 1603-ban Anglia királya lett és Londonba költözött, a palota nem volt többé állandó székhelye a királyi udvarnak. Jakab 1617-ben látogatta meg ismét, majd I. Károly volt a vendége 1633-ban, mikor a palotában tették a fejére a skót koronát.
1650-ben, Oliver Cromwell és katonái látogatása idején – véletlenül, vagy előre eltervezett módon – a palotában tűz ütött ki. Cromwell helyreállította az épületet, azonban ezeket a rekonstrukciókat megsemmisítették, így aztán II Károly volt az, aki William Bruce építész közreműködésével 1671 – 1679. között a jelenlegi állapotába építtette át a palotát. 1679 – 1682. között a későbbi II. Jakab (ekkor még mint York hercege) lakott Holyroodban.
1707. után a palotát a skót képviselőházi választások idején használták. Bonnie Prince Charlie udvartartása az 1745-ös jakobita felkelés idején öt héten keresztül volt Holyroodban. III. György a francia forradalom után megengedte XVI. Lajos öccsének X. Károlynak, hogy a palotában lakjon. Második száműzetésüket követően, 1830-tól 1832-ig ismét a Holyroodhouse lett a francia királyok otthona, innen Ausztriába távoztak.
A modern időkben az uralkodói udvartartás évente legalább egy hétre az edinburgh-i palotába teszi át székhelyét. A jelenlegi királynő a Holyroodhouse-ban lakik minden olyan alkalommal, mikor hivatalos ügyben tartózkodik Skóciában. Magáncélokra a Balmoral-kastélyt veszi igénybe. Használata jelentősen megnőtt a skót parlament felállása, 1999. óta. Gyakran időznek itt a királyi család tagjai, különösen Károly walesi herceg és Anna hercegnő. Egy időben arra számítottak, hogy hogy a királyi család egyik tagja, remények szerint a királyi hercegnő (a mindenkori urakodó legidősebb lánya kaphatja meg ezt a címet, jelenleg az erős skót kapcsolatokkal rendelkező Anna hercegnőt illeti meg) állandó lakóvá válik a palotában, ez az elképzelés azonban valószínüleg nem volt több puszta pletykánál. A palotában fogadja a királynő a skót miniszterelnököt is. Az Európai Unió brit elnöksége idején a Holyroodhouse adott otthont az Európa Tanács egyik ülésének.
Mikor sem a királynő, sem a királyi család más tagja nem tartózkodik a palotában, megnyitják a nagyközönség számára.
A Királynők képtára a palota épületcsoportjában van elhelyezve, míg a skót parlament új épülete az utca túlsó oldalán található.
A Holyroodhouse-palota egyike volt annak a három királyi székhelynek, melyeken a Tony Robinson által vezetett, Time Team nevű régészcsapat 2006. augusztus 25 – 28. között ásatásokat folytatott. A kutatásokról több brit TV-csatorna folyamatosan tudósított.
Ez volt a Time Team által vezetett 150. ásatás, és szervesen illeszkedett a II. Erzsébet királynő 80. születésnapjával kapcsolatos 2006-os események sorába. A királynő első alkalommal engedélyezte kutatóárkok létesítését a Buckingham-palota kertjében, a Windsor-kastélyban és a Holyroddhouse-ban. A Nagy Királyi Ásatás jó példája volt annak, hogy a királynő egyre jobban beengedi a nyilvánosságot lakóhelyére. Ezt erősítették meg a 2002-es Arany Jubileum és a 2006-os születésnapi eseménysorozat rendezvényei.
A régészek egy sosemvolt lehetőséget kaptak a történelem vallatására, egyidőben három királyi rezidencián.
Az 1128-ban I. Dávid által épített apátság fennmaradt romjai mentén feltárták a kolostor egy részét, valamint napvilágra hozták IV. Jakab eltűnt palotájának szögletes tornyát. Sajnos nem bukkantak rá unokájának, Stuart Máriának a teniszpályájára. (Ez utóbbit a királynő fürdőházának környékén keresték.)
Vörösre szineződött földet találtak azon a helyen, ahol VIII. Henrik leégette a palotát, afölötti bánatában, hogy a skótok nem járultak hozzá a csecsemő Stuart Mária és fia Eduárd (később VI. Eduárd angol király) házasságához.
A Holyroodhouse-ban talált tárgyak között volt egy pecsétnyomó és egy 1634-ből származó pénzérme is. A régészek felásták a palota kertjében azt a dombot is, melyen gyermekkorában II. Erzsébet játszott.
A Holyroodhouse fontosságát jelzi az udvar által megbízott felügyelő a státusza is. A Keeper of Holyroodhouse címet 1646-ig többeknek is adományozták, azonban I. Károly király örökletesen James Hamiltonra, Hamilton 1. hercegére ruházta. A címet azóta is a leszármazottak birtokolják. A tisztség az egyik legmagasabb állami beosztás a skóciai királyi udvartartáson belül. A herceg magánlakosztálya nagyobb helyet foglal el a palotán belül, mint az állami területek. A felügyelő bízza meg a palota tiszttartóját is. A Holyroddhouse főkapitánya ugyancsak a felügyelő alá tartozik.
Korábban a palota körüli parknak külön felügyelője volt, ezt a címet Haddington mindenkori grófja viselte. A parkot az udvar megvásárolta és a címet 1843-ban eltörölték.
