A Czartoryski Múzeum (lengyelül: Muzeum Książąt Czartoryskich w Krakowie) az egyik legrégebbi lengyel múzeum. Elődje az 1801-ben Izabela Czartoryska hercegnő által létrehozott gyűjtemény volt Puławyban, amit 1831-ben háborús körülmények miatt Párizsba menekítettek, majd 1878-ban Krakkóba költöztettek.
A múzeum 1992-től a Czartoryski Alapítvány (Fundacja Książąt Czartoryskich) tulajdonában volt és a krakkói Nemzeti Múzeum működtette. 2016. december 29-én a lengyel állam megvásárolta az alapítványtól a gyűjteményt és valamennyi épületét 100 millió euró értékben. A vételár a valódi értékhez képest jelképes volt.
A múzeum a XIII-XVIII. századi európai festészet és az európai, valamint iszlám iparművészet alkotásait, továbbá irodalmi és történelmi dokumentumokat gyűjt. Legértékesebb darabja Leonardo da Vinci Hölgy hermelinnel című képe.
Izabela Czartoryska hercegnő az 1805-ben magyar honfiúsítást nyert Adam Kazimierz Czartoryski, herceg felesége volt. 1801-ben nyitotta meg Puławyban a Szibüllák szentélye (Świątynia Sybilli) nevű magánmúzeumát. Gyűjteményét az 1830-ban kitört novemberi felkelés idején feldúlták és részben megsemmisült, illetve egyes darabjait az oroszok elkobozták. Nagyobb részét azonban sikerült megmenteni. Párizsba, a Hôtel Lambertbe szállították, ami az emigrációba kényszerült Czartoryski család lakhelye és a nagy emigráció egyik politikai központja volt.
1870-ben Izabela unokája, Władysław Czartoryski herceg úgy döntött, hogy a gyűjteményt Krakkóban helyezi el. 1876-ban sikerült a múzeumot hazaköltöztetnie. Ugyanebben az évben a család hatalmas könyvgyűjteményét, a Czartoryski Könyvtárat (Biblioteka Czartoryskich) a városnak adományozta. A múzeum első otthona a Városi Arzenál (Arsenał Miejski) lett. Az épületet a városi hatóság adta a múzeum céljaira. A herceg később további épületeket vásárolt hozzá, melyeket Albert Bitner, Wandalin Beringer és Zygmunt Hendel építészek egységes épületegyüttessé alakítottak át. A rekonstrukció 1879 és 1901 között zajlott. Az elkészült épületszárnyakat 1880-tól folyamatosan adták át és nyitották meg a látogatók előtt.
A második világháború kitörésekor a gyűjtemény legértékesebb darabjait a sieniawai palotában rejtették el. 1939. szeptember 16-án vagy 17-én azonban a németek tudomást szereztek a rejtekhelyről és megkezdődött a gyűjtemény kifosztása. A védelmet szolgáló ládákat összetörték, s számos műtárgyat megrongáltak úgy, hogy a földre dobálták őket. Végérvényesen elpusztult a királyi ékszerdobozba (Szkatuła Królewska) tartozó 64 db olyan tárgy (ékszerek, órák, miniatúrák), amelyek lengyel királyokhoz kötődtek. A királyi ékszerdoboz Izabela Czartoryska gyűjtése és a Szibüllák szentélyének legfontosabb kiállítási darabja volt. Eltűnt továbbá 156 db ókori ötvösművészeti tárgy, 104 db modern ötvösművészeti alkotás, valamint 375 db arany pénzérme. Krakkó német megszállása alatt a fosztogatás folyamatos volt. A háború után a Lengyel Népköztársaság kitartó erőfeszítéseinek köszönhetően a legtöbb dolog visszakerült a helyére. A végleg eltűnt műalkotások közül a legértékesebb Raffaello Fiatal férfi képmása (Portret młodzieńca) című festménye.
1950-ben a múzeum a krakkói Nemzeti Múzeum részévé vált, a műkincsek és az épületek tulajdoni viszonyai azonban rendezetlenek maradtak. 1991-ben Marek Rostworowski lengyel akkori kulturális miniszter, aki korábban sok éven át a gyűjtemény kurátora volt, kezdeményezte a jogi helyzet rendezését. Ennek során Adam Karol Czartoryski Spanyolországban élő herceg a tulajdonosi feladatok ellátására megalapította a Czartoryski Alapítványt, a technikai és kurátori feladatokra pedig a krakkói Nemzeti Múzeum kapott megbízást.
2010-ben a múzeumot bezárták nagyjavítási munkák miatt. A felújítás napjainkban is tart, valószínűleg 2019-2020-ban fog elkészülni és újra kinyitni a múzeum.
2016. december 29-én titkos tárgyalások után Adam Karol Czartoryski herceg eladta a lengyel államnak a múzeum gyűjteményét és épületeit jelképes 100 millió euró vételárért. A Czartoryski Alapítvány vezetősége ezt követően lemondott.
Az ókori művészeti galéria a régi Városi Arzenálban van elhelyezve. Egyiptomi, görög, etruszk és római kulturális emlékeket őriz a K. e. III. évezredtől a K. u. IV. századig.
A nyugat-európai festészeti osztály többek között az alábbi művészek képeit őrzi:
